Xorgのキーボードの設定が通らないとき

一時的に：
$ setxkbmap -model jp106 -layout jp

※参考：Xのキーボード設定 – Akionux-wiki

または、ＩＭがXのキーボードの設定をオーバーライドしてるときがあるので、ＩＭにそういった仕様がないか、または設定ファイルに記述がないかを確認。
ex. Fcitx: ~/.config/fcitx/conf/fcitx-xkb.config

[X Keyboard]
# Allow to Override System XKB Settings
# Available Value:
# True False
OverrideSystemXKBSettings=False # default : True